網(wǎng)站結(jié)構(gòu)有兩方面的意思，一是物理結(jié)構(gòu)，二是鏈接結(jié)構(gòu)。
1.物理結(jié)構(gòu)
 網(wǎng)站物理結(jié)構(gòu)指的是網(wǎng)站真實的目錄及文件所在的位置所決定的結(jié)構(gòu)。
 一般來說比較合理的物理結(jié)構(gòu)有兩種。一種是扁平式的，也就是所有網(wǎng)頁文件都存在網(wǎng)站根目錄下。
 這樣的結(jié)構(gòu)比較適合小型網(wǎng)站。如果有太多文件放在根目錄下，制作和維護(hù)起來都比較麻煩，容易搞亂。大中型網(wǎng)站把文件都放在根目錄下基本就無法管理了。
 扁平物理結(jié)構(gòu)的一個優(yōu)勢就是，很多人認(rèn)為根目錄下的文件比深層目錄中的文件天生權(quán)重高一點。
  第二種是樹形結(jié)構(gòu)，或稱為金子塔形結(jié)構(gòu)。根目錄之下以目錄形式分成多個產(chǎn)品分類，（或者稱為頻道、類別、目錄、欄目等），然后在第一個分類下再放上屬于這個分類的具體產(chǎn)品（或稱為文章、帖子等）頁面。
  樹形結(jié)構(gòu)邏輯清晰，頁面之間的隸屬關(guān)系一目了然。
  需要說明的是，這里說物理結(jié)構(gòu)是“真實的目錄及文件所在的位置所決定的結(jié)構(gòu)”，
只是為了方便說明理解。數(shù)據(jù)庫驅(qū)動、程序生成的網(wǎng)站并不存在真實的目錄和文件，URL中的目錄和文件都是程序?qū)崟r生成的，但就網(wǎng)站結(jié)構(gòu)來說，與真實存在的目錄和文件沒有什么區(qū)別。
2.鏈接結(jié)構(gòu)
 網(wǎng)站結(jié)構(gòu)的第二個意義指的就是鏈接結(jié)構(gòu)，或者稱為邏輯結(jié)構(gòu)，也就是網(wǎng)站內(nèi)部鏈接形成的鏈接網(wǎng)絡(luò)圖。
  比較合理的鏈接結(jié)構(gòu)通常是樹形結(jié)構(gòu)。如圖：
  H為網(wǎng)站首頁，C1和C2是分類首頁，P1、P2是分類C1下的產(chǎn)品頁面，P3、P4是分類C2下產(chǎn)品。其中的鏈接關(guān)系如下：
    （1）首頁鏈向所有分類首頁。
（2）首頁一般不直接鏈接向產(chǎn)品頁，除了幾個需要特殊推廣的產(chǎn)品。
（3）所有分類首頁鏈向其他分類首頁，一般以網(wǎng)站導(dǎo)航形式體現(xiàn)。
（4）分類首頁都鏈回網(wǎng)站首頁。
（5）分類首頁鏈向本分類下的產(chǎn)品頁。
（6）產(chǎn)品頁都鏈接向網(wǎng)站首頁，一般以網(wǎng)站導(dǎo)航形式體現(xiàn)。
（7）產(chǎn)品也鏈向所有分類首頁，一般以網(wǎng)站導(dǎo)航形式體現(xiàn)。
（8）產(chǎn)品也可以鏈向同一個分類的其他產(chǎn)品頁。
（9）產(chǎn)品頁一般不鏈接向其他分類的產(chǎn)品頁。
（10）在某些情況下，產(chǎn)品也可以用適當(dāng)?shù)年P(guān)鍵詞鏈接向其他分類的產(chǎn)品頁面，如P2鏈向P3。
從圖示和說明可以看到這些鏈接會很自然地形成一個樹形的網(wǎng)絡(luò)圖，這種鏈接網(wǎng)絡(luò)可以與物理結(jié)構(gòu)重合，也可以不一樣，比如扁平式的物理結(jié)構(gòu)網(wǎng)站完全可以通過鏈接形成鏈接上的樹形結(jié)構(gòu)。
當(dāng)然實際網(wǎng)站鏈接結(jié)構(gòu)要復(fù)雜的多，一級分類下不可能只有兩個，下面還可能有二、三級分類，末級分類可能有很多個翻頁，還可能有各種排序頁面等。但網(wǎng)絡(luò)鏈接基本形式大體相同。
對搜索引擎來說更重要的是鏈接結(jié)構(gòu)，而不是物理結(jié)構(gòu)。不少人有誤解，認(rèn)為物理結(jié)構(gòu)比較深的頁面不容易被搜索引擎收錄。比如說：
http://www.36now.com/e/news/seo/2012/04/187.html
像這樣的物理目錄結(jié)構(gòu)比較深的URL，是不是就不容易被收錄呢？那不一定。如果這個頁面在網(wǎng)站首頁上有一個鏈接，對搜索引擎來說他就是一個僅次于首頁的鏈接結(jié)構(gòu)意義上的二級頁面，收錄容易與否在于頁面處于鏈接結(jié)構(gòu)的什么位置。距離首頁有幾次點擊的距離，而不是它的目錄層次。
樹形鏈接結(jié)構(gòu)使權(quán)重在網(wǎng)站各頁面上均勻分布，深層內(nèi)頁可以從首頁4~5次點擊達(dá)到。但當(dāng)網(wǎng)站規(guī)模比較大時，還會出現(xiàn)各種問題。